HCV genom berisi bermuatan positif RNA untai tunggal, yang mengkode 3 struktural (protein inti nukleokapsid dan nucleoproteins E1-E2 amplop) dan 5 struktural (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) protein. Masing-masing dari protein ini antibodi disintesis ditemukan dalam darah pasien dengan hepatitis C.