Paling sering, kolitis pseudomembran berkembang di bawah pengaruh penggunaan antibiotik jangka panjang ampisilin, linkomisin, klindamisin, sefalosporin, lebih jarang - penisilin, eritromisin, kloramfenikol, tetrasiklin. Clostridium difficile adalah batang anaerob gram positif pembentuk spora yang mampu menghasilkan dua jenis eksotoksin: toksin A dan toksin B. Ada empat penyebab utama kolitis pseudomembran yang terkait dengan C. difficile.