Paling sering, colitis pseudomembran berkembang di bawah pengaruh penggunaan ampicillin antibiotik jangka panjang, linkomisin, klindamisin, sefalosporin, lebih jarang penisilin, eritromisin, levomiketin, tetrasiklin. Clostridium difficile adalah batang anaerob gram positif spora yang mampu menghasilkan dua jenis racun eksotoksin A dan toksin B. Ada empat penyebab utama pengembangan kolitis pseudomembran yang berhubungan dengan C. Difficile.