Dalam kasus infeksi sitomegalovirus kongenital, sifat kerusakan janin bergantung pada periode infeksi. Infeksi sitomegalovirus akut pada ibu dalam 20 minggu pertama kehamilan dapat menyebabkan patologi janin yang parah, yang mengakibatkan keguguran spontan, kematian janin dalam kandungan, lahir mati, cacat, dalam banyak kasus tidak sesuai dengan kehidupan. Dalam kasus infeksi sitomegalovirus pada tahap akhir kehamilan, prognosis untuk kehidupan dan perkembangan normal anak lebih baik.