Agen penyebab ensefalitis virus tick-borne termasuk pada genus Flavivirus. Virion memiliki bentuk bola, diameter 40-50 nm, mengandung RNA, bereproduksi dengan baik di banyak kultur jaringan. Dari hewan laboratorium tikus putih, hamster, monyet, tikus katun paling peka terhadap virus. Rentan terhadap virus ensefalitis tick-borne dan banyak hewan piaraan.