Deteksi patogen sangat penting untuk memastikan diagnosis pneumosistosis. Bahan utama untuk penelitian ini adalah dahak, sekresi bronkial, cairan yang diperoleh selama lavage bronkial atau lavage bronkoalveolar, potongan jaringan paru yang diambil selama biopsi transbronkial, perkutan atau terbuka. Paling sering, karena kondisi pasien yang serius, manipulasi ini tidak dilakukan untuk menghindari komplikasi.