Menentukan agen penyebab sangat penting untuk memastikan diagnosis pneumosisosis. Bahan utama untuk penelitian ini adalah sputum, sekresi bronkial, air pencuci yang diperoleh dari pencucian bronkus atau bronchoalveolar lavage, potongan jaringan paru yang diambil dengan biopsi transbronkial, biopsi perkutan atau terbuka. Paling sering, karena kondisi pasien yang parah, manipulasi ini tidak dilakukan untuk menghindari komplikasi.