Pengobatan infeksi meningokokus bergantung pada bentuk klinis penyakit ini. Dengan nasofaringitis, terapi bersifat simtomatik. Jika diagnosis dikonfirmasi secara bakteriologis, gunakan benzylpenicillin, ampicillin, sefalosporin I-II, kloramfenikol, pefloxacin dalam dosis terapeutik rata-rata selama 3 hari. Jangan menggunakan co-trimoxazole, aminoglycosides, dimana sebagian besar strain meningokokal saat ini sudah stabil.