Pengobatan infeksi meningokokus bergantung pada bentuk klinis penyakit. Dalam kasus nasofaringitis, terapi bersifat simtomatik. Jika diagnosis dikonfirmasi secara bakteriologis, benzilpenisilin, ampisilin, sefalosporin generasi pertama dan kedua, kloramfenikol, pefloksasin digunakan dalam dosis terapi rata-rata selama 3 hari. Kotrimoksazol dan aminoglikosida tidak boleh digunakan, yang sebagian besar strain meningokokus yang ada saat ini resisten terhadapnya.