Secara klinis, diagnosis shigellosis hanya dapat ditegakkan pada kasus-kasus varian kolitis yang khas dari penyakit ini. Untuk memperjelas diagnosis pada kasus-kasus yang tidak dikonfirmasi oleh tes laboratorium, dilakukan rektoskopi, yang pada semua kasus shigellosis menunjukkan gambaran kolitis (katarak, hemoragik atau erosif-ulseratif) dengan kerusakan pada selaput lendir kolon distal, sering kali sfingteritis.