Alloimun, atau isoimun, neutropenia pada bayi baru lahir terjadi pada janin karena inkompatibilitas antigenik neutrofil janin dan ibu. Isoantibodi ibu berasal dari kelas IgG, mereka menembus penghalang plasenta dan menghancurkan neutrofil anak. Isoantibodi biasanya leukoagglutinin, mereka bereaksi dengan sel-sel pasien dan ayahnya, tidak bereaksi dengan sel-sel ibu.